Un traitement physico-chimique de l'eau est parfois nécessaire, en raison de la nature géologique du sol (chaque région présente ses spécificités), ou si l'eau est contaminée. Un tel traitement permet de modifier le taux de PH, de TH, de fer, de manganèse ou de nitrates. L'eau de pluie peut ainsi être potabilisée, ainsi que de l'eau par exemple contaminée à la source ou par le passage dans les canalisations. Dans le cadre d'une installation d'élevage, le traitement de l'eau est primordial pour la santé des animaux afin de se débarrasser des bactéries.